ブラック・ジャックは医師免許を持たない“モグリ”の天才外科医。相変わらず、法外な治療費を患者に請求している。ある日、安楽死専門医・ドクターキリコから死を迫られていた政治家・鳩中を奇跡の手術で救ったブラック・ジャック。回復した鳩中の招待で、ブラック・ジャックとピノコは高級レストラン「マ・フィーユ」を訪れる。そこで、天才シェフ・赤石の作る料理の味が落ちていることから、ブラック・ジャックは彼が脳の病気なのではと疑う。実は、洋食店を営む赤石の娘・みゆきとその恋人・河合も、赤石の味覚の変化を心配していた。
そんな中、脳腫瘍で余命僅かだと気づいた赤石は、ブラック・ジャックに手術を依頼。困難な手術と知りながらそれを承諾するブラック・ジャックだが…。